mikemoke blog

データ解析やってます。統計・機械学習・画像解析など。

階層ベイズモデルをまともに動かしたい(winbugsを諦めるまで)

階層ベイズモデルを用いて色々しようと思案中

まともに実行できるようになるまでのメモ書き

環境

OS:Windows7(64bit)

解析ソフト:R

 

1.階層ベイズの実行環境調査

階層ベイズを実施するためには、Rのパッケージだけではなく外部アプリケーションと連携しないといけないみたい。そこで利用可能な環境を調べた。

ぱーと調べた感じ、Winbugs,JAGS,stan の順ぐらいに見つかった。

三つの比較

Winbugs:データサイズ小さい人向け。開発終了しているが資料が多い。実装困難と投げ出す人が多いって本に書いてありました。

JAGS:データサイズ大きい人向け。Winbugsの次に資料多めの印象。のちに述べるstanよりも安定感あるらしい。

stan:データサイズ大きい人向け。JAGSよりも早そう。

 

1.Winbugsの検討開始・セットアップ(※最終的に失敗して諦めます)

とりあえず、資料が多いのですぐ動かせるだろうとか考えて実装開始。

Winbugsの環境設定は以下URLの内容をベースにいろいろ

http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/HowtoInstallWinBUGS.html

http://・・・から以下をダウンロード』でさっそくリンク切れ

http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/ を訪問して bugsproject のページ http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/software/bugs/the-bugs-project-winbugs/ までいって、ここを参考にインストールします。

 

QuickStartの記載にて

『If installing on a 64-bit machine, you should download a zipped version of the whole file structure and unzip it into Program Files or wherever you want it.』

64Bit は少し面倒になるみたい。ということでZipをダウンロード、c/ProgramFilesに配置。

『Download and install the patch for 1.4.3

『Get the free key for unrestricted use by clicking here - this can be used for multiple installations.』

のリンク先を右クリック>ファイル保存 で保存しておく。なんかパッチの適用にテキストを渡されるのは新鮮な感じ

 

解凍したZipの中のexeファイルを起動します。こっからパッチ・Keyを適用します。

メニューのFile>open で保存しておいたパッチを読み込みます

メニューのtools>decode>decode all で実行

一度Winbugsを閉じる

再び再開して、今度は上記パッチの代わりにKeyのデータを読み込んでdecodeします

 

以上でとりあえずWingugsの設定完了

 

 

 次にWinbugsをRと連携するわけですが、そんなに躓くことはなかったとおもうので、以下リンク参考に

http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWinBUGS.html

ラッパー関数R2WBwrapperを作成していただけているので、これを参考にすると、お手軽に実行できました。

 

・・・・・その後

サンプルコードは動いた。だが自前で作成したモデルが動かない。しかも何が間違っているのか教えてくれない。なんやこいつ!(逆切れ) というわけで使いにくいと判断。stanに乗り換えを検討します