階層ベイズモデルをまともに動かしたい(winbugsを諦めるまで)
階層ベイズモデルを用いて色々しようと思案中
まともに実行できるようになるまでのメモ書き
環境
OS:Windows7(64bit)
解析ソフト:R
1.階層ベイズの実行環境調査
階層ベイズを実施するためには、Rのパッケージだけではなく外部アプリケーションと連携しないといけないみたい。そこで利用可能な環境を調べた。
ぱーと調べた感じ、Winbugs,JAGS,stan の順ぐらいに見つかった。
三つの比較
Winbugs:データサイズ小さい人向け。開発終了しているが資料が多い。実装困難と投げ出す人が多いって本に書いてありました。
JAGS:データサイズ大きい人向け。Winbugsの次に資料多めの印象。のちに述べるstanよりも安定感あるらしい。
stan:データサイズ大きい人向け。JAGSよりも早そう。
1.Winbugsの検討開始・セットアップ(※最終的に失敗して諦めます)
とりあえず、資料が多いのですぐ動かせるだろうとか考えて実装開始。
Winbugsの環境設定は以下URLの内容をベースにいろいろ
(http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/HowtoInstallWinBUGS.html)
『http://・・・から以下をダウンロード』でさっそくリンク切れ
http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/ を訪問して bugsproject のページ http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/software/bugs/the-bugs-project-winbugs/ までいって、ここを参考にインストールします。
QuickStartの記載にて
『If installing on a 64-bit machine, you should download a zipped version of the whole file structure and unzip it into Program Files or wherever you want it.』
64Bit は少し面倒になるみたい。ということでZipをダウンロード、c/ProgramFilesに配置。
『Download and install the patch for 1.4.3』
『Get the free key for unrestricted use by clicking here - this can be used for multiple installations.』
のリンク先を右クリック>ファイル保存 で保存しておく。なんかパッチの適用にテキストを渡されるのは新鮮な感じ
解凍したZipの中のexeファイルを起動します。こっからパッチ・Keyを適用します。
メニューのFile>open で保存しておいたパッチを読み込みます
メニューのtools>decode>decode all で実行
一度Winbugsを閉じる
再び再開して、今度は上記パッチの代わりにKeyのデータを読み込んでdecodeします
以上でとりあえずWingugsの設定完了
次にWinbugsをRと連携するわけですが、そんなに躓くことはなかったとおもうので、以下リンク参考に
(http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWinBUGS.html)
ラッパー関数R2WBwrapperを作成していただけているので、これを参考にすると、お手軽に実行できました。
・・・・・その後
サンプルコードは動いた。だが自前で作成したモデルが動かない。しかも何が間違っているのか教えてくれない。なんやこいつ!(逆切れ) というわけで使いにくいと判断。stanに乗り換えを検討します